胃肠间质瘤发生在消化道外者组织学形态相同。有两种细胞、三种组合形式，多数由梭形细胞组成，少数由上皮样细胞组成，或两种细胞混合组成。胃肠间质瘤可发生于胃肠道的各级分级导管，并可原发于网膜和肠系膜。在胃中最常见，其次是小肠、结肠直肠和食管。
一般来说，胃肠间质瘤可以粗略地分为以下四种类型：
1.显示向平滑肌细胞分化的肿瘤；
2.显示明显向神经成分分化的肿瘤；
3.显示平滑肌和神经成分两种分化的中秋
4.缺乏向平滑肌和神经两种细胞类型分化的肿瘤。
胃肠间质瘤细胞学形态变化较大，从梭形细胞到明显的上皮细胞，不同的细胞形态可能会出现在同一肿瘤中。因此，可分为梭形细胞型、上皮样细胞型、梭形和上皮样细胞混合型。不同类型有不同的特征。
1.梭形细胞形态的胃肠间质瘤
瘤细胞主要排列成束状或交织状，灶性可呈车辐状、核栅栏状及血管外皮瘤样排列。瘤细胞核可呈现短梭、胖梭或长杆状，核两端尖或平钝，可见空泡，胞质弱嗜酸性，核仁多不明显。
2.上皮样细胞形态的胃肠间质瘤
瘤细胞主要排列成弥漫片状或巢状、腺泡状。瘤细胞呈圆形、卵圆形、多角形，胞质颗粒状或嗜酸性，有些核周围可见人为空亮区或明显空泡化。
